تواجه المجالس المحلية عدة تحديات وفي مقدمتها الفساد، وللتعامل مع ذلك وظّفت المجالس أربعة أنماط رقابية تراوحت بين رقابة داخلية تمارسها لجان من المجالس على أعماله، وأخرى شعبية أقرّتها المجالس في أنظمتها الداخلية من خلال حق السكان في ممارسة دورهم الرقابي عن طريق الاجتماعات العامة أو من خلال عضويتهم في منظمات المجتمع المدني، إضافةً للرقابة العسكرية التي تمارسها فصائل المقاومة الوطنية بحكم نفوذها المحلي، وأخيراً الرقابة القضائية التي تمارسها الهيئات الشرعية والتي تلجأ إليها المجالس في ظل غياب منظومة قضاء محلي وقدرتها على تنفيذ الأحكام الصادرة عنها نظراً لدعم الفصائل لها