4321X 第3期 2020-12-30

本期会员通讯刊首语想和大家聊聊生病。

最近一周多的时间一直在生病，我以为像感冒咳嗽这样的日常病，就是给身体一个信号，告诉你需要刹车需要休息，是身体默默的反抗。这几年只要自己坚持一段高强度的生活之后就会病一次，这种高强度有时候是身体层面有时候是指心理。生病了人总归要停下来，各种药的最大作用给我的感觉也是「催眠」让人犯困，强迫自己睡几天再重新开始另一段高强度的生活。

之前几期通讯都是在周末推送，我看了后台的打开率并不很理想（略高于60%），难道是因为周末大家对打开邮箱这件事比较抗拒？借着这次延后发布，再试试把推送时间改到周中下午时段是否会好些，希望用10期左右的时间可以达成一个固定推送时间的默契。
 

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文献

The relationship between genome structure and function

DOI：10.1038/s41576–020–00303-x

Precise patterns of gene expression in metazoans are controlled by three classes of regulatory elements: promoters, enhancers and boundary elements. During differentiation and development, these elements form specific interactions in dynamic higher-order chromatin structures.

基因表达会受到启动子、增强子和边界元件这三类调控元件控制。在分化和发育过程中，这些元件在动态的高阶染色质结构中可以形成特定的相互作用。然而，基因组结构与基因调控功能之间的关系尚不完全清楚。这篇综述从基因组的调控元件、基因组结构和3D基因组调控几个方面进行了介绍。

Cross-Site Concordance Evaluation of Tumor DNA and RNA Sequencing Platforms for the CIMAC-CIDC Network.

DOI: 10.1158/1078–0432.CCR–20–3251

The CIMAC collaborating laboratory platforms effectively generated consistent WES and RNA-seq data and enable robust cross-trial comparisons and meta-analyses of highly complex immuno-oncology biomarker data across the NCI CIMAC-CIDC Network.

全外显子组(WES)和转录组测序(RNA-SEQ)是肿瘤基因组分析的重要组成部分。越来越多的分析需求需要将不同中心的数据整合起来进行分析，CIMACs 和 CIDC 共同发起了一项关于这两类数据在不同中心平台分析一致性的研究。其中WES的一致性比较好，RNAseq数据在满足 DV200>24% 和 MedTIN>30 的情况下可以进行后续的HLA配型、免疫浸润和免疫谱系推断。

The landscape of long noncoding RNA-involved and tumor-specific fusions across various cancers

DOI 10.1093/nar/gkaa1119

Here, we present a systematic study of the lncRNA fusion landscape across cancer types and identify >30 000 high-confidence tumor-specific lncRNA fusions (using 8284 tumor and 6946 normal samples). Fusions positively correlated with DNA damage and cancer stemness and were specifically low in microsatellite instable (MSI)-High or virus-infected tumors.

基因融合与各种疾病特别是癌症的发生发展紧密相关，甚至是一些癌症的直接诱因。本文使用大量的癌症与正常样本分析了lncRNA相关的融合现象。融合与DNA损伤和癌症干性呈正相关，在高MSI或病毒感染的肿瘤中呈负相关。且作者研究发现 eRNAs 可能介导一种新型的复杂融合机制

Alternative splicing: Human disease and quantitative analysis from high-throughput sequencing

DOI：10.1016/j.csbj.2020.12.009

In this mini-review, we aim to illustrate I) mechanisms and regulation of alternative splicing, II) alternative splicing associated human disease, III) computational tools for the quantification of isoforms and alternative splicing from RNA-seq.

可变剪接可以使一个基因产生多个不同亚型从而增加蛋白质的多样性，同时也是一种重要的表达调控机制。95%的人类多外显子基因可以通过可变剪接编码具有不同功能的蛋白质。同时大约15%的人类遗传性疾病和癌症与可变剪接有关。这篇综述介绍了可变剪接机制和调控方式、可变剪接与人类疾病的关系以及如何从RNA-seq中进行可变剪接分析。

 

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