El doctorat és l’últim grau acadèmic que concedeixen les universitats i implica la formació avançada en tècniques de recerca. Els estudis de doctorat, que acostumen a tenir una durada d’entre tres i cinc anys, culminen amb l'elaboració i la presentació d'una tesi doctoral, consistent en un treball original de recerca. La UPF ofereix nou programes de doctorat amb l’objectiu de formar investigadors i preparar equips de recerca que puguin afrontar amb èxit el repte que suposen les noves ciències, tècniques i metodologies.